Para cumplir con dichos objetivos, la referida reforma contempla un cambio de paradigma con respecto al antiguo modelo de procedimiento penal vigente en nuestro país desde inicios del siglo XIX, el denominado sistema o modelo inquisitivo, caracterizado por ser predominantemente escrito y secreto, y en el que la investigación, acusación y decisión de un caso criminal estaban en manos de una sola persona, el juez del crimen.

Como se decía, la reforma pretende superar dichos problemas, introduciendo instituciones que aseguren las garantías individuales y permitan a su vez dar respuestas prontas a los conflictos penales. Para ello, el nuevo Código Procesal Penal consagra un sistema de corte acusatorio, en el que la investigación y acusación de los hechos constitutivos de delitos se encuentra en manos del Ministerio Público, en su calidad de organismo autónomo encargado de la persecución penal. Por su parte, se creó la Defensa Penal Pública, la cual defiende a aquellas personas a quienes se les ha imputado un delito, y que carezcan de un abogado. Durante la etapa de investigación, es el juez de garantía el encomendado para garantizar la protección de los derechos de los involucrados en el proceso, así como resolver los conflictos que puedan suscitarse entre las partes. Una vez terminada la etapa de investigación y luego de la acusación presentada por el fiscal (y si no se ha puesto fin a la causa a través de los mecanismos de descongestión procesal, a través de las salidas alternativas o de un procedimiento abreviado o simplificado de acuerdo al caso en cuestión), se da inicio al juicio oral, en el que tanto la fiscalía como la defensoría en un debate público presentan sus argumentos, pruebas y peticiones a un tribunal colegiado integrado por tres jueces letrados, que hasta este momento no tenían conocimiento de la causa, que serán encargados de resolver el conflicto penal.

Con objeto de propender al éxito en la implementación de la reforma, se estableció un sistema gradual para su entrada en vigencia, el cual supone un sistema escalonado en tiempo, dándose inicio el año 2000 en las IV y IX regiones; la II, III, VII en el 2001; I, XI y XII regiones en el 2002; en diciembre del 2003 se inició en la V, VI, VIII, X, concluyendo el 16 de junio del 2005 en la Región Metropolitana. Luego, a la fecha la reforma se encuentra operando en las trece regiones del país. Chile experimenta hoy el cambio más transcendental que ha vivido en su historia en materia de justicia criminal. Hasta ahora todo el sistema Procesal Penal recaía en una misma persona -el Juez del Crimen- la múltiple responsabilidad de:
a) determinar si se investiga o no un hecho que podría ser delictuoso;
b) investigarlo, en caso afirmativo;
c) acusar, como resultado de esa investigación; y
d) desdoblarse, para sentenciar. Indudablemente que todo ese recorrido puede llevar a un solo resultado: la falta de imparcialidad del sentenciador chileno de primera instancia.